Beberapa teknik penting yang digunakan dalam proyek genom manusia adalah sebagai berikut:
(а) Sekuensing DNA adalah metode sekuensing untuk menentukan urutan basa nukleotida—adenin, guanin, sitosin, dan timin—dalam molekul DNA. Ada dua metode umum yaitu teknik Maxam Gilbert yang menggunakan bahan kimia untuk membelah DNA menjadi fragmen pada basa tertentu; atau, paling umum, teknik Sanger.
Ini juga disebut metode di-deoksi atau pemutusan rantai. Ini menggunakan DNA polimerase untuk membuat rantai DNA baru, dengan adanya terminator rantai dideoksinukleotida untuk menghentikan rantai secara acak saat tumbuh. Dalam kedua kasus, fragmen DNA dipisahkan menurut panjangnya dengan elektroforesis gel poliakrilamida. Hal ini memungkinkan urutan untuk dibaca langsung dari gel.
(b) Penggunaan Polimorfisme Panjang Fragmen Pembatasan (RFLP).
(c) Yeast Artificial Chromosomes (YAC) adalah vektor (pembawa) yang dibuat dan digunakan di laboratorium untuk mengkloning potongan DNA. YAC dibangun dari urutan asal telomerik, sentromerik, dan replikasi yang diperlukan untuk replikasi dalam sel ragi. Telomer adalah ujung dari kromosom; sentromer adalah wilayah kromosom tempat serat gelendong menempel selama pembelahan sel; dan urutan asal replikasi adalah tempat di mana replikasi DNA dimulai.
(d) Kromosom Buatan Bakteri (BAC) adalah segmen besar DNA (100.000—200.000 bp) dari spesies lain yang diklon menjadi bakteri. Setelah DNA asing diklon ke dalam bakteri inang, banyak salinannya dapat dibuat. Ini adalah vektor kloning sisipan besar yang mampu menangani segmen besar DNA hasil kloning, biasanya sekitar 150 kb. BAC dapat diperbanyak dalam galur laboratorium Escherichia coli. Vektor ini sangat membantu dalam pembangunan perpustakaan genomik untuk proyek pengurutan skala genom.
(e) Reaksi Rantai Polimerase (PCR).
(f) Elektroforesis.
