Keberhasilan Portugis mendorong bangsa Spanyol ke Indonesia. Mereka lebih tertarik bersekutu dengan Tidore. Terjadilah persaingan antara Portugis dan Spanyol di kawasan Maluku.
Untuk mengatasi masalah tersebut, pada tahun 1534 keduanya menyepakati diadakanlah Perjanjian Saragosa. Keberhasilan bangsa Portugis dan Spanyol mendorong bangsa Belanda ingin mencari penghasil rempah-rempah.
Di bawah pimpinan Cornelis de Heutman pada tahun 1596 rombongan orang-orang Belanda sampailah di banten. Pada tahun 1598 datang lagi rombongan orang-orang Belanda di bawah pimpinan van Nede dan van Heemskerck di Banten.
Pada tahun 1599 datang armada yang dipimpin Jacob van Neck di Maluku. kedatangan orang-orang Belanda ini diterima dengan baik-baik.
Berkembangnya Agama Nasrani di Indonesia tidak bisa lepas dari kedatangan bangsa Barat. Salah satu dari semangat tiga G itu adalah gospel (agama). Dari segi agama, ambisi orang-orang Eropa ke kawasan Timur berkaitan dengan adanya semangat bangsa-bangsa Barat untuk melanjutkan Perang Salib dan sekaligus menyebarkan agama Kristen.
Terdapat perbedaan pendapat tentang sejarah awal keberadaan penganut Nasrani di Indonesia. Pendapat pertama menyatakan bahwa sudah terdapat orang beragama Nasrani sebelum kehadiran bangsa Barat di Kepulauan Indonesia, yaitu pada abad ke-7 berdasarkan diketemukannya orang yang beragama Katholik di Barus dan Sibolga.
Pendapat kedua menyatakan kehadiran pengaut Nasrani baru ada setelah kehadiran orang Barat. Pendapat ini berpegang pada peristiwa pemandian terhadap penduduk Halmahera pada tahun 1534. Peristiwa ini secara luas dipegang sebagai awal penasranian penduduk di Kepulauan Indonesia.
Perkembangan agama Katholik semakin pesat sejak rohaniawan Spanyol bernama Francisacus Xaverius bersama Ignatius Loyolo melakukan kegiatan keagamaan di tengah-tengah masyarakat Ambon, Ternate dan Morotai antara tahun 1546-1547. Kehadiran Belanda di Indonesia merubah peta pengkristenan di wilayah Maluku. Di Maluku sebagian besar penduduk yang telah beragama Katholik berganti menjadi Calvinis. Pada tahun 1619 Pendeta Hulsebos mendirikan jemaat pertamanya di Jakarta. Memasuki abad ke-19 penyebaran agama Nasrani semakin meluas ke berbagai wilayah di Indonesia.
