Kemampuan untuk mengenali dan menanggapi antigen tertentu di antara sejumlah antigen yang berbeda disebut spesifisitas.
Antibodi dapat membedakan antara dua molekul protein yang hanya berbeda dalam satu asam amino.
[Contoh: Ketika antigen ‘x’ tertentu bergabung dengan reseptor sel B dari sel B, sel B akan diaktifkan. Sel plasma yang berasal dari sel B yang diaktifkan, diaktifkan oleh antigen ‘x’ akan menghasilkan antibodi terhadap ‘x’ (disebut antibodi anti-x). Antibodi anti-x hanya akan bergabung dengan antigen ‘x’, tetapi tidak dengan antigen lainnya. Antibodi yang diproduksi melawan antigen bereaksi secara khusus dengan antigen itu saja].
Ada banyak mikroba dan antigen berbahaya lainnya di lingkungan. Manusia terkena antigen yang tak terhitung banyaknya ini, yang dapat masuk ke dalam tubuhnya dan menyebabkan kerusakan. Sudah dijelaskan bahwa respons imun yang diinduksi terhadap satu antigen spesifik untuk antigen itu saja dan respons imun ini tidak akan bertindak terhadap antigen lain. Itu berarti harus ada sel T dan sel B yang tak terhitung banyaknya yang masing-masing mampu bertindak melawan antigen yang berbeda.
Bahkan, salah satu fitur luar biasa dari sistem kekebalan tubuh adalah bahwa ia dapat menanggapi sejumlah besar antigen asing. Untuk memenuhi permintaan ini, tuan rumah memproduksi sejumlah besar limfosit, masing-masing memiliki jenis reseptor antigen yang berbeda. Dengan demikian, sistem kekebalan inang sudah siap dengan persenjataan yang dapat mengatasi segala jenis antigen bahkan sebelum masuknya antigen tersebut.
Selama perkembangan limfosit di sumsum tulang dan timus, penataan ulang gen, yang mengkode reseptor antigen, terjadi. Karena penataan ulang genetik urutan gen yang berbeda terbentuk. Akibatnya, reseptor antigen yang dikodekan oleh gen yang berbeda akan memiliki spesifisitas antigen yang berbeda.
Limfosit perawan yang mampu berikatan dengan antigen berbeda terbentuk. Diperkirakan bahwa seorang individu dapat menghasilkan limfosit berbeda yang mampu bergabung dengan 10,00,000 antigen berbeda. Sekitar 100, 00, 00.000 limfosit perawan memasuki sirkulasi setiap hari. Jadi, setidaknya beberapa limfosit yang mampu bergabung dengan antigen apa pun kemungkinan besar ada kapan saja di dalam tubuh (Setiap saat setidaknya ada beberapa limfosit perawan yang mengenali antigen apa pun yang mungkin masuk ke dalam tubuh).
