Kondisi yang dialami tentara Union yang ditangkap di Penjara Andersonville Konfederasi sangat mengerikan. Selama 18 bulan penjara beroperasi, hampir 13.000 tentara Union meninggal karena kekurangan gizi, penyakit, dan paparan unsur-unsur akibat perlakuan tidak manusiawi oleh Komandan Andersonville Henry Wirz. Jadi, tidak mengherankan jika penuntutannya atas kejahatan perang setelah penyerahan Selatan adalah pengadilan paling terkenal akibat Perang Saudara. Tetapi tidak diketahui secara umum bahwa ada hampir seribu tuntutan militer lainnya terhadap Konfederasi. Banyak di antaranya disebabkan oleh penganiayaan terhadap tentara Union yang ditangkap.
Henry Wirz
Henry Wirz mengambil komando Penjara Andersonville pada 27 Maret 1864, sekitar satu bulan setelah tahanan pertama tiba di sana. Salah satu tindakan pertama Wirz adalah membuat area yang disebut pagar garis mati, yang dirancang untuk meningkatkan keamanan dengan menjauhkan tahanan dari tembok benteng. Setiap tahanan yang melewati “batas waktu” akan ditembak oleh penjaga penjara. Selama masa pemerintahan Wirz sebagai komandan, dia menggunakan ancaman untuk menjaga agar para tahanan tetap sejalan. Ketika ancaman tampaknya tidak berhasil, Wirz memerintahkan penjaga untuk menembak tahanan. Pada Mei 1865, Wirz ditangkap di Andersonville dan diangkut ke Washington, DC untuk menunggu persidangan. Wirz diadili karena berkonspirasi untuk melukai dan/atau membunuh tentara yang ditangkap dengan secara tidak benar menolak akses mereka ke makanan, pasokan medis, dan pakaian. Dia juga didakwa dengan pembunuhan karena secara pribadi mengeksekusi sejumlah tahanan.
Sekitar 150 saksi bersaksi melawan Wirz di persidangan militernya, yang berlangsung dari 23 Agustus hingga 18 Oktober 1865. Setelah dinyatakan bersalah atas semua tuduhan terhadapnya, Wirz dijatuhi hukuman mati dan digantung pada 10 November 1865.
James Duncan
James Duncan adalah petugas lain dari Penjara Andersonville yang juga ditangkap. Duncan, yang ditugaskan ke kantor Intendan, dihukum karena pembunuhan karena sengaja menahan makanan dari para tahanan. Dia dijatuhi hukuman 15 tahun kerja paksa tetapi melarikan diri setelah menjalani hukuman hanya satu tahun.
Juara Ferguson
Di awal Perang Saudara, Champ Ferguson adalah seorang petani di Tennessee Timur. Populasi daerah ini terbagi rata antara mendukung Persatuan dan Konfederasi. Ferguson mengorganisir kompi gerilya yang menyerang dan membunuh simpatisan Union. Ferguson juga bertindak sebagai pengintai kavaleri Kentucky Kolonel John Hunt Morgan, dan Morgan mempromosikan Ferguson ke pangkat Kapten Penjaga Partisan. Kongres Konfederasi mengeluarkan tindakan yang disebut Partisan Ranger Act yang memungkinkan perekrutan laskar ke dalam dinas. Perlu dicatat bahwa karena kurangnya disiplin di antara Partisan Rangers, Jenderal Robert E. Lee menyerukan pencabutan Undang-Undang tersebut oleh Kongres Konfederasi pada bulan Februari 1864. Setelah diadili di hadapan pengadilan militer, Ferguson dihukum karena membunuh lebih dari 50 tentara Union yang ditangkap. Dia dieksekusi dengan digantung pada Oktober 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy adalah seorang perwira Konfederasi yang telah ditangkap oleh pasukan Union dan dipenjarakan di Penjara Militer Pulau Johnson. Penjara itu terletak di Teluk Sandusky, yang berada di pesisir Danau Erie hanya beberapa mil dari Sandusky, Ohio. Kennedy melarikan diri dari Johnson’s Island pada bulan Oktober 1864, menuju Kanada — yang mempertahankan netralitas terhadap kedua belah pihak. Kennedy bertemu dengan beberapa perwira Konfederasi yang menggunakan Kanada sebagai landasan peluncuran untuk melakukan tindakan perang melawan Persatuan. Dia berpartisipasi dalam plot untuk memulai kebakaran di banyak hotel, serta di museum dan teater di New York City, dengan maksud untuk membuat otoritas lokal kewalahan. Semua api dipadamkan dengan cepat atau gagal menimbulkan kerusakan. Kennedy adalah satu-satunya yang ditangkap. Setelah diadili di hadapan pengadilan militer, Kennedy dieksekusi dengan digantung pada Maret 1865.
